首先应从提高鸭机体的抗病力着手，采取综合防护措施以避免病原体侵害小鸭机体。工作人员必须具有高度的责任心和强烈的防疫意识，严格控制养鸭场外的人员入场，尤其是养鸭户之间应严禁互串鸭舍;实行单品种生产，保证全进全出;搞好免疫接种，目前危害养鸭最严重的疾病包括高致病性禽流感、小鸭病毒性肝炎、鸭瘟、浆膜炎。前三种为病毒性疾病，必须通过预防接种来控制。具体来说可以从以下3个方面来做：
小鸭疫病免疫参考程序：1日龄，鸭瘟疫苗颈部皮下注射;5日龄，鸭传染性浆膜炎和大肠杆菌二联苗肌肉注射;8日龄，鸭病毒性肝炎冻干苗皮下注射;鸭禽流感疫苗的免疫时间要按疫苗使用说明执行，严防禽流感发生。鸭瘟、鸭传染性浆膜炎、大肠杆菌、鸭病毒性肝炎等在免疫前应认真阅读使用说明书，严格按疫苗使用说明预防。
药物预防：肉鸭的发病死亡主要发生在2周龄以内，可在一周龄内间断地在饮水中添加禽用多维，以增强雏鸭的抵抗能力;同时1～5日龄用0.02%高锰酸钾液饮水;6～8日龄用沙星类药物饮水;9～13日龄换为高锰酸钾;14～16日龄改用敌菌净，这样交叉使用药物预防，效果既好，药价又低。以后鸭群如出现粪便不正常等情况时，在饮水中添加抗生素或喹诺酮类药物进行防治，以确保肉鸭健康快速生长，减少病死率，提高养鸭效益。
定期消毒：除做好常见鸭病的防治外，还要常消毒，鸭舍、运动场、水池，夏季三天消毒一次;冬季每周消毒一次;半个月饮水消毒一次。垫料、粪便勤换勤出。水槽、料槽勤洗勤消毒。遇有疫病，天天消毒。
